处理发票金额大于报销金额的问题时，错误操作可能引发不良后果：
1. 故意套取资金：部分人或企业故意让对方多开发票，按发票金额报销，将差额据为己有或挪作他用。这构成虚开发票和偷税，面临税务处罚甚至刑事责任。
2. 对非故意错误置之不理：发现发票金额大于实际报销金额是因非故意错误后，不及时更正，直接按错误金额报销或长期搁置。错误发票可能被税务机关认定为不合规票据，带来税务风险。
3. 自行涂改发票金额：为使发票金额与报销金额一致而私自涂改。发票是法定凭证，涂改会导致发票无效，还可能被视为伪造、变造凭证，承担法律责任。若您有类似情况或担心问题，可咨询我为您提供专业解答与补救方案。
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发票金额大于报销金额的处理需分情况，存在特殊例外：
1. 计算错误且及时更正：若因开票方或付款方计算错误导致多开发票，且发现后及时联系作废原发票、重新开具正确金额发票并按正确金额报销。因无主观违法故意且及时纠正，通常不被认定为违法，也不会受处罚。
2. 不知情被他人利用多开发票：例如员工正常消费后，商家擅自多开发票，员工未察觉仍按实际金额报销，后发现发票金额超标。若员工能证明不知情且未获利，向税务机关说明并配合调查，可能减轻或免除责任，主要责任由开票方承担。
3. 合理商业折扣未在发票体现：实际交易中存在商业折扣或折让，导致报销金额小于发票金额，但双方未以红字发票等形式体现。只要能提供合同、协议等证明折扣真实性，按规定税务处理后，一般不视为违法，但需规范发票开具流程以体现折扣。
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依据《中华人民共和国税收征收管理法》（2015年修正）第六十三条规定：“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”若发票金额大于报销金额是因故意多列支出以达到不缴或少缴税款目的，则属于偷税行为，应承担相应法律责任。
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发票金额大于报销金额是否违法，需结合具体行为判断：
1. 故意多开发票套取利益：若存在故意多开发票金额并通过报销获取超出实际支出的款项，属于违法行为。这是虚开发票行为，违反税收管理法规，严重时构成犯罪。例如，实际消费1000元，却要求开具2000元发票并按2000元报销，套取1000元。
2. 非故意错误且未获利：若因非故意的计算错误、开票失误等导致发票金额大于报销金额，且未从中获利，及时更正后通常不构成违法。例如，商家开票时金额写错，实际报销时按正确金额报销，并及时联系商家作废错误发票重新开具。

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